Trong thời kỳ Chiến tranh Việt Nam, tại miền Nam, thời Việt Nam Cộng hòa, nhiều tổ chức chính trị do những người bất đồng chính kiến thành lập để hoạt động công khai, tranh cử vào quốc hội và tham gia chính trường, ra báo, biểu tình (như Ngày Ký giả đi ăn mày), Đảng Dân chủ Xã hội Việt Nam, lực lượng thành phần thứ ba (Dương Văn Minh, Vũ Văn Mẫu, Nhất Linh, ông Đạo Dừa...). Đặc biệt trong thời Đệ Nhất Cộng hòa Việt Nam, chính quyền Ngô Đình Diệm tìm cách hạn chế đối lập nên nhiều tổ chức đối lập đã tổ chức những cuộc biểu tình như trong dịp Quốc nạn Phật giáo Việt Nam. Khi đó, Thích Quảng Đức tự thiêu tại một ngã tư đông đúc ở Sài Gòn vào ngày 11 tháng 6 năm 1963 nhằm phản đối sự đàn áp Phật giáo của chính quyền Việt Nam Cộng hòa Ngô Đình Diệm. Tấm ảnh chụp hòa thượng tự thiêu đã được truyền đi khắp thế giới và gây nên sự chú ý đặc biệt tới chính sách của chế độ Ngô Đình Diệm. Nữ tu Nhất Chi Mai cũng đã tự thiêu để phản đối Chiến tranh Việt Nam.

Theo báo cáo đặc biệt năm 1973 của Tổ chức Ân xá quốc tế (Amnesty International – AI), có tồn tại việc chính quyền Việt Nam Cộng hòa đàn áp những người bất đồng chính kiến, trong đó có việc lạm dụng các điều luật mơ hồ để bắt giữ tuỳ tiện, tra tấn, và xét xử bằng toà án binh. Những người dân thường bị Việt Nam Cộng hòa giam giữ đều được Tổ chức Ân xá Quốc tế xem là tù nhân chính trị, vì đa phần trong số đó bị giam giữ vì lý do bất đồng chính kiến. Nhiều người bị bắt mặc dù không có liên hệ với Chính phủ Cách mạng lâm thời Cộng hòa miền Nam Việt Nam hay Mặt trận Dân tộc Giải phóng miền Nam Việt Nam. Theo AI, Việt Nam Cộng hòa có bốn loại tù nhân bao gồm: tù hình sự, những người thuộc Chính phủ Cách mạng lâm thời Cộng hòa miền Nam Việt Nam hay Mặt trận Dân tộc Giải phóng miền Nam Việt Nam, những người có liên hệ với Chính phủ Cách mạng lâm thời Cộng hòa miền Nam Việt Nam hay Mặt trận Dân tộc Giải phóng miền Nam Việt Nam và những người bất đồng chính kiến. Những người bất đồng chính kiến được phía Chính phủ Cách mạng lâm thời Cộng hòa miền Nam Việt Nam, Mặt trận Dân tộc Giải phóng miền Nam Việt Nam và Việt Nam Dân chủ Cộng hòa gọi là "lực lượng chính trị thứ ba" tại miền Nam. AI cho rằng Việt Nam Cộng hòa giam giữ khoảng 200.000 tù chính trị nhưng phía VNCH cho rằng họ chỉ giam khoảng 37.000 người. Một trường hợp tiêu biểu của AI nhắc tới là dân biểu Trần Ngọc Châu một người bất đồng chính kiến bị chính quyền Nguyễn Văn Thiệu quy chụp là cộng sản nằm vùng. Sau Hiệp định Paris, ông Châu được trao trả cho Chính phủ Cách mạng lâm thời Cộng hòa miền Nam Việt Nam nhưng ông từ chối vì cho rằng mình không phải là cộng sản. Thực tế đã chứng minh điều đó khi sau năm 1975, ông này đã sang Hoa Kỳ định cư. Theo AI, VNCH đã bắt bớ và giam giữ tuỳ tiện những người bất đồng chính kiến ở miền Nam thông qua những điều luật chống Cộng mơ hồ và tù binh không được hưởng các quy chế quốc tế. Nhiều tù chính trị bị coi là đặc biệt nguy hiểm bị giam giữ mà không qua xét xử. Nhiều phiên xử của các tòa án binh chỉ kéo dài trong 5 phút. Theo AI, tù nhân chính trị còn bị tra tấn, bức cung, nhục hình tại các nhà giam, đặc biệt là tại Tổng nha Cảnh sát Quốc gia Đô thành Sài Gòn. Tình trạng đối xử tàn tệ với tù nhân diễn ra khốc liệt hơn khi Quân lực Việt Nam Cộng hòa và cố vấn Hoa Kỳ can thiệp vào các trại giam. Báo cáo cho biết việc biệt giam, cùm, đánh đập dã man và nhốt tù nhân trong chuồng cọp khiến cho một số tù nhân bị tàn tật vĩnh viễn. Một số tù nhân đã chết trong ngục hoặc bị liệt nửa người. Từ năm 1972, hội Chữ thập đỏ bị ngăn cấm vào tiếp xúc và hỗ trợ cho tù chính trị. Đa số người bị cáo buộc vi phạm những tội chính trị kể trên đều bị giam giữ vô thời hạn mà không được mang ra xét xử. Căn cứ vào Điều 4, Hiến pháp năm 1967 về việc bài trừ chủ nghĩa Cộng sản, chính quyền Việt Nam Cộng hòa thường bắt người với lý do “gây nguy hiểm đến an ninh quốc gia”, “gây suy sụp tinh thần chiến sỹ quân đội”, tập hợp người gây bất lợi cho an ninh quốc gia, cổ súy chủ thuyết cộng sản, thân cộng, thân cộng-trung lập,...Luật nhà binh được chính quyền sử dụng trong các vụ án chính trị.[1]

Tại miền Bắc thời Việt Nam Dân chủ Cộng hòa, lực lượng đối lập không được phép thành lập tổ chức công khai hay biểu tình nên những tổ chức đối lập thời Pháp thuộc bị giải thể và những người bất đồng chính kiến tìm cách ra báo dưới danh nghĩa một cơ quan nhà nước như nhóm Nhân Văn-Giai Phẩm. Nhóm này xuất bản báo Nhân văn ra được 5 số và tạp chí Giai phẩm ra được 4 số rồi bị đình bản. Sau đó, hầu hết các văn nghệ sĩ tham gia Phong trào Nhân Văn-Giai Phẩm phải tham gia các khóa học tập về tư tưởng xã hội chủ nghĩa. Một số bị treo bút một thời gian dài: Lê Đạt, Trần Dần, số khác không tiếp tục con đường sự nghiệp văn chương, thậm chí có người bị giam giữ trong một thời gian dài và tiếp tục bị giám sát trong nhiều năm sau khi mãn tù như trường hợp Nguyễn Hữu Đang. Dư luận chung thường gọi đây là "Vụ án Nhân Văn–Giai Phẩm". Trong Cải cách ruộng đất tại miền Bắc Việt Nam có nhiều "sai lầm và khuyết điểm" (như tuyên bố của Hội nghị Trung ương 10 của Đảng Lao động Việt Nam), giáo sư Trần Đức Thảo, và một số người bị oan như Tu sĩ Thiều Chửu tự sát vì bị nghi oan. Một số luật sư như Nguyễn Mạnh Tường đã công khai phê bình những sai lầm trong các bài phát biểu trước quốc hội.